Bacillus cereus este o bacterie formatoare de spori care produce toxine care provoacă vărsături sau diaree. Simptomele sunt în general ușoare și de scurtă durată (până la 24 de ore). B. cereus se găsește în mod obișnuit în mediu (de exemplu, în sol), precum și într-o varietate de alimente. Sporii sunt capabili să supraviețuiască în medii dificile, inclusiv la temperaturi normale de gătit.

Campylobacter spp. sunt bacterii care provoacă boala gastrointestinală campilobacterioză, cu simptome care pot imita apendicita. Majoritatea cazurilor de campilobacterioză nu sunt fatale. Infecția cu Campylobacter spp. a fost, de asemenea, asociată cu sindromul Guillain-Barré, care duce la slăbiciune musculară progresivă sau paralizie. Campylobacterspp. sunt răspândite în natură și sunt prezente în intestinul multor animale și păsări sălbatice și domestice. Informațiile despre Campylobacter includ sursele, proprietățile și măsurile de control, fiind esențiale pentru prevenirea contaminării și protejarea siguranței alimentare. Controlul speciilor de Campylobacter necesită măsuri stricte de igienă, tratament termic corespunzător și prevenirea contaminării încrucișate pentru a reduce riscurile asociate acestui pericol.

Cyclospora cayetanensis este un parazit protozoar care provoacă boala gastrointestinală ciclosporioză. Persoanele infectate elimină în fecale o formă neinfecțioasă a parazitului, care necesită o perioadă prelungită de expunere la mediu pentru a se transforma în formă infecțioasă. În țările dezvoltate, ciclosporioza este de obicei asociată cu călătoriile internaționale sau cu consumul de produse importate. Cu toate că este puțin probabil să apară în România, globalizarea comerțului și achiziția de materii prime din diversele colțuri ale lumii poate duce, involuntar la apariția acestui pericol biologic. De aceea firmele interesate, care utilizează materii prime susceptibile, din zone cu probabilitate ridicată la prezența acetui pericole, trebuie să îl ia in considerare în programele HACCP.

Listeria monocytogenes este o bacterie care provoacă listerioza, o boală care poate avea consecințe grave pentru anumite grupuri ale populației. Aceasta poate provoca avorturi spontane la femeile însărcinate și poate fi fatală la persoanele imunocompromise și la persoanele în vârstă. La persoanele sănătoase, listerioza provoacă, în general, doar o formă ușoară de boală. L. monocytogenes poate fi găsită în mediul înconjurător. A fost izolată la animale domestice și sălbatice, păsări, sol, vegetație, furaje, apă și din podele, canalizări și zone umede ale fabricilor de prelucrare a alimentelor.

Encefalopatia spongiformă bovină (ESB) este o boală neurodegenerativă mortală a bovinelor. Ea este cauzată de particule infecțioase proteice cunoscute sub numele de prioni. ESB este singura encefalopatie spongiformă transmisibilă (EST) a animalelor despre care se știe că este infecțioasă pentru om prin consumul de carne contaminată. Forma umană a bolii este cunoscută sub numele de boala Creutzfeldt-Jakob variantă (vCJD). 

Salmonella spp. sunt bacterii care cauzează salmoneloza, o formă frecventă de toxiinfecție alimentară la om. Rezultatele expunerii la Salmonella spp. pot varia de la simptome ușoare la boli grave și pot fi fatale. Salmonella spp. este transmisă de o serie de animale și păsări domestice și sălbatice și a fost izolată pe scară largă din mediu.

Salmonella spp. este un grup de bacterii care pot provoca boli gastrointestinale și febră, cunoscute sub numele de salmoneloză. Răspândirea bacteriei poate avea loc prin intermediul manipulatorilor de alimente care nu respectă normele de igienă, cum ar fi spălarea mâinilor, sau prin utilizarea suprafețelor și a instrumentelor contaminate în timpul preparării alimentelor. De asemenea, infecția poate apărea în urma consumului de alimente crude sau insuficient gătite.

Shigella spp. sunt bacterii care provoacă shigeloza, cunoscută și sub denumirea de dizenterie bacilară. Acestea sunt un organism extrem de infecțios, iar focarele de toxiinfecție alimentară implică adesea manipulatori de alimente infectați. Spre deosebire de alți agenți patogeni comuni de origine alimentară, oamenii sunt singurele gazde naturale ale Shigella spp.

Virusul hepatitei A (HAV) infectează ficatul, boala caracterizându-se prin inflamarea ficatului și apariția icterului. Infecția cu HAV poate fi asimptomatică (fără simptome clinice), ușoară sau poate duce la o boală gravă în cazul persoanelor cu afecțiuni hepatice subiacente. Hepatita A este endemică în multe țări în curs de dezvoltare, în timp ce în țările dezvoltate apar cazuri sporadice.